Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης, υφίσταται θεσμικά από το 1980. Ιδρύθηκε με Προεδρικό Διάταγμα το Δεκέμβριο του 1980 στα πλαίσια της Σχολής Θετικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Κρήτης.